结膜炎是由微生物和非微生物的感染引起的，其最常见的是微生物感染所致。包括细菌、病毒或衣原体等，如肺炎球菌、葡萄球菌、单纯疱疹病毒、沙眼衣原体等。
当人体发生感冒、受凉、淋雨等可导致机体的抵抗力降低时，或病原体的毒力强于机体的防御机制时，或存在机体的防御功能严重破坏的情况，例如长期使用免疫抑制剂，如糖皮质激素药物的长期使用等因素存在时，存在于结膜囊内的机会致病菌，如表皮葡萄球菌、类白喉杆菌等会释放毒素和产生代谢产物，导致结膜炎的发生。
