绝大部分原发性甲减（甲状腺功能减退症），治疗方法是长期甲状腺激素替代治疗。
对于继发的甲状腺功能减退，要以治疗病因为主，比如垂体瘤引起的垂体性甲减，可以考虑手术治疗。垂体功能减退引起的垂体性甲减，还需要补充其他的靶腺激素。
甲状腺功能减退症患者在补充甲状腺激素替代治疗的时候，要定期检查甲状腺功能，根据促甲状腺激素的结果，调整甲状腺激素的剂量，尽可能找到每个人的个体剂量，避免甲状腺功能减退对人体造成的影响。如果在特殊的生理时期，比如妊娠、感染、创伤，要及时调整药物的剂量。
