早期食管癌应与食管炎、食管溃疡、食管黏膜白斑、食管憩室等疾病相鉴别。
临床上确定是否为食管癌，唯一的办法是发现病变后取病变组织送病理活检，而最终明确其病理性。
对于早期食管癌的患者来说，为明确诊断，可给予口服碘剂，从而给予碘染色。当发现食管负染区存在时，代表食管病变，这种情况下取负染区组织送病理活检，而最终明确病变的性质到底为早期食管癌还是其他相关的病变，从而作出鉴别与诊断。而一旦确诊为早期食管癌后，应当根据具体情况给予黏膜下切除或黏膜下剥离，或者给予食管癌根治术。
