窦性心律失常的病因常见于病理性以及生理性因素两方面情况。
生理性窦性心律失常通常是由于一过性因素刺激所导致的心律失常类型，通常见于情绪波动、熬夜劳累、摄入刺激性食物、兴奋性食物等情况，临床症状通常较轻，大多可在刺激性因素解除后自行缓解。
病理性窦性心律失常，常继发于心源性疾病以及全身性疾病对心脏的影响，可见于窦房结功能障碍、心肌缺血等心源性疾病；甲状腺功能异常、血糖异常等代谢性疾病；低钾血症、低钙血症等电解质紊乱性疾病都会引起病理性窦性心律失常；长时间服用对心律有影响药物性因素也会引起病理性窦性心律失常。
