先天性甲状腺功能低下不能够根治，身材矮小以及智力低下有可能不能逆转，但是可以用药物把甲状腺功能稳定在正常范围，避免进一步加重。
先天性甲状腺功能低下，最常见的原因是甲状腺发育不良导致的甲减，目前我国新生儿出生以后，常规的采集足跟血筛查有没有先天性甲减。
新生儿一旦确诊为先天性甲减，需要尽早的补充甲状腺激素替代治疗。使用药物治疗期间，需要定期监测甲状腺功能变化，根据促甲状腺激素的结果，调整药物的剂量，找到适合每个人的个体剂量，然后维持治疗。
