内镜经黏膜下隧道肿瘤切除术的风险很小。
上述手术方式可以说属于一种微创手术，根据临床治疗发现，这种手术方式对于消化道肿瘤、消化道黏膜下肿瘤、胃黏膜下肿物、食管胃结合部肿物等疾病的有效治愈率可以达到98%以上，甚至会达到100%。在严格掌握适应症的情况下手术后患者身体的恢复情况会很好，一般很少会有并发症的发生。
但对于一些存在严重的心脑血管疾病、神志不清、血液凝血障碍性疾病的患者而言，其手术风险率会明显升高，属于手术禁忌症，需要在控制原发病的基础上择期进行手术。
