试管婴儿的过程中可产生不同程度的疼痛不适。例如在使用促排卵药物时，可引起女性恶心、呕吐、腹部不适等消化道的症状。女性在使用激素类的药物时，若用量过多，也可能会导致体重增加、少尿、肾衰，甚至可发生卵巢过度刺激征等，在穿刺取卵的过程中，女性可出现疼痛出血，也不排除会损伤脏器或有大出血的风险。
但随着医学的不断发达，目前多种的并发症以及风险都可逐渐降低。试管婴儿的成功率取决于多方面，其中包括内分泌、实验室、年龄、卵巢条件、子宫等。
