配子输卵管内移植术成功率相对低，大约20%~30%，现大多采用宫腔内胚胎移植。
配子输卵管内移植成功率相对于试管婴儿低一些，试管婴儿是目前应用比较多的并且比较成熟的技术，成功率可以达到50%左右。如果能做试管婴儿的话，一般建议采用这种方法。
配子输卵管内移植术相对成功率低，但是也有其优点。主要是在腹腔镜的操作之下，将精子和卵子放入到输卵管的壶腹部，接近于生理过程，但是由于需要通过腹腔镜操作，有可能对身体创伤大一些，不像试管婴儿的操作更直接。
