先天性巨结肠如果有正常的排气和排便，一般不再需要每天灌肠。
先天性巨结肠的治疗目的是促进患儿的正常排便和排气，治疗要根据患儿的症状进行对症治疗，如果在停止灌肠后，患儿又出现排便和排气困难，可持续进行灌肠治疗，同时也可以配合肛门按摩、应用软皂条等进行保守治疗，如果保守治疗效果不佳，建议进行根治性手术治疗。
先天性巨结肠是由于直肠或结肠远端无神经节细胞，会发生痉挛，丧失肠胃蠕动和排便功能，会引起患儿出现便秘、腹泻等症状。
