慢性结膜炎的根治方法需结合病因进行，主要的治疗方法为局部使用滴眼液，少数患者需手术治疗。
若为细菌性的结膜炎所导致，可使用广谱类的抗生素药物。对于明确病原体的患者，应使用敏感类的抗生素，可有效缩短病程。
若为病毒性的结膜炎所导致，则需要使用抗病毒类的药物。
若为衣原体性的结膜炎，则需要系统给药治疗。对于比较严重的患者，可全身应用抗生素治疗。
如果结膜炎造成比较严重的组织损伤或存在其他并发症时，选择手术治疗。
