胃间质瘤预后良好。
胃间质瘤的治疗通常以手术治疗和靶向治疗为主。大部分胃间质瘤患者进行根治性手术后可以达到临床治愈。但是由于患者的病情比较严重，不能进行根治性手术治疗的，可以先通过靶向治疗控制患者的病情，肿瘤病变得到控制后，进行择期手术，也可以取得良好的治疗效果。
当然，靶向治疗的效果与基因类型密切相关，大概有80%左右的基因突变引起的胃间质瘤可以取得良好的治疗效果。也有个别的胃间质瘤患者，靶向治疗效果较差，预后相对较差，需要配合化疗维持患者的寿命。
