肾隐隐作痛的主要临床病因包括有：
一、泌尿系统疾病，如泌尿系感染、血管病变、肾结石、输尿管结石、肾积水等会导致肾区隐痛。
二、肾炎、急性肾盂肾炎、肾脓肿、肾周感染等会导致肾区隐痛。
三、肾静脉血栓、肾动脉栓塞等会导致肾区隐痛。
四、生殖系统疾病，如前列腺炎、盆腔炎、痛经等会导致肾区隐痛。
五、运动系统疾病，如腰部骨质增生、腰椎间盘突出、腰肌劳损会导致肾区隐痛。
六、肾结核、外面腰部肌肉、深部筋膜、小关节疼痛也会被误认为是肾脏疼痛。
