胎儿先天性心脏病主要是在胚胎发育时期，由于心脏及大血管的形成障碍而引起的局部解剖结构异常导致的。
首先，在孕早期孕妇感染了某些特定的病毒，比如风疹病毒，就容易导致胎儿出现先天性心脏病。其次，在备孕或者孕早期接触了有毒有害的物质，如长期接触射线，或者苯等有毒化学物质，也会导致胎儿先天性心脏病的发生。同时，也有可能是基因突变导致的，比如受到有害环境的影响，胎儿出现了基因方面的缺失，也可能引起先天性心脏病。另外，家族遗传因素也可能导致胎儿先天性心脏病。
