新生儿细菌感染的来源、部位、严重程度、细菌的毒力不同，严重程度也不同。
新生儿存在宫内感染时，通常表现是全身性的临床表现，及时对症治疗，监测炎症指标，多能好转，通常足月龄预后优于早产儿。身体表面的感染多局部治疗，脏器感染较体表感染要重，不同部位的感染也不同。如肺部感染，严重时可能会导致肺不张。肠道感染可能会引发脱水。颅内感染严重时可能会导致脑瘫。此外，感染的菌株不同，毒力也不同，有时对抗生素过敏时，还存在用药困难的情况，也会影响疾病的转归。新生儿对外界抵抗力差，忽冷忽热，奶液不适当保存，卫生情况不佳时，常可导致后天细菌性感染。
