再生障碍性贫血有一定的遗传性，有再障家族史者比普通人有更大的患病风险，在胎儿孕育的过程中可由于基因缺陷或变异引起造血干细胞缺陷或骨髓功能异常导致胎儿的再生障碍性贫血。
除了遗传性的因素以外，再生障碍性贫血还有可能是由于一些射线、药物、重金属等原因所导致。这些影响因素从根本上也可以导致基因的突变，从而引起再生障碍性贫血。
最后还有很多的再生障碍性贫血是不明原因的。而且很多时候临床症状表现都不是特别明显，在体检或者说检查其他疾病的时候才被发现。
