颅咽管瘤的术后复发率受很多因素影响，其中影响最大的是手术切除程度。总体来说，颅咽管瘤的复发率在10-20%左右。如果手术将肿瘤完全切除的话，那复发率是非常低的，不过颅咽管瘤大多位于鞍区，位置比较深，周围有一些非常重要的神经和血管，所以在做手术的时候为了保护这些神经血管就容易出现肿瘤残留。如果在术后复查有明显的残留组织，那基本都会出现复发，不过因为颅咽管瘤为良性肿瘤，所以复发时也生长缓慢，同样会有很长的生存期，手术后可以对于这些残留组织进行伽玛刀处理，这样能够起到延缓复发的作用。
