引起下咽癌的原因有长期烟酒刺激、胃酸反流、HPV病毒感染。长期烟酒刺激会增加下咽癌的患病风险，吸烟与饮酒会破坏咽喉部正常的纤毛运动，造成纤毛运动障碍，引起黏膜充血水肿，或上皮增生和鳞状上皮化生，成为致癌的重要基础。胃酸反流与长期慢性胃酸刺激也容易增加患癌的风险。HPV病毒感染在下咽癌的发生中起一定作用。另外，下咽癌还与遗传因素及空气污染有关，如果长期大量吸入生产性粉尘或废气，有致癌可能，所以应做好工业中的防护措施。性激素水平紊乱与下咽癌的发生有一定的联系。
