自身免疫性肝炎患者的预后差异比较大，需要根据情况具体分析。通常情况下，肝功能指标得到缓解后，自身免疫性肝炎的预后相对较好，另外当初次发现自身免疫性肝炎时，若不存在肝硬化，那么预后较好，若合并了肝硬化，总体的十年生存率约为80~90%。如果经过积极的治疗后，患者没有应答，肝酶的指标没有变化，抗体无法转阴，那么这样的患者通常预后较差，会极速的进展为肝硬化，并且合并严重的门静脉高压容易导致消化道出血，肝性脑病而死亡。
