肝内胆管结石的治疗方法有手术治疗，后续治疗，如有感染发生可用药物治疗。
手术治疗：胆管切开取石，直视或术中胆道镜取石。胆肠吻合术，多选用肝管空肠Roux-en-Y吻合；肝脏切除术，肝脏内胆管结石反复并发感染，可导致局部肝脏萎缩，纤维化，功能丧失；切除病变部位的肝脏，包括结石和感染病灶，去除结石的再发源地，预防病变肝脏和肝叶的癌变，是治疗肝胆管结石的积极方法。
胆管结石手术后结石残留较常见，后续治疗对结石残留有重要的作用，治疗方法包括术后经引流管窦道胆道镜取石；激光超声、等离子碎石等。如有感染发生，可进行抗感染治疗。
