肝内胆管结石应该积极治疗。少部分患者有可能在长期结石刺激下会发展为胆管细胞癌。通常，大约有四分之一的患者在接受胆囊切除术后，在两周内进餐后会出现轻微腹胀，但是这些症状会在大约一个月后逐渐消失。有些患者甚至在手术后几个月就报告腹部右上角偶尔出现针扎的感觉，这与肠管的粘附有关，无需服用药物或应用注射剂。从长远来看，切除术的益处远大于不切除的益处。肝内胆管结石反复发作可以导致局段性肝萎缩，或者出现胆管炎，长时间反复发展甚至会诱发胆管细胞癌。
