如果没有肝内胆管结石的其他症状，大多数患者不需要治疗。由于结石不会引起严重的并发症，通常临床上采用密切观察，定期复诊。如果患者有弥漫性肝内胆管结石，则治疗起来比较麻烦，因为这种疾病会复发并导致胆汁性肝硬化。因此，必要时必须进行肝移植。如果患者有局灶性肝内胆管结石，通常建议进行手术。目前，在分析肝内胆结石的发生率时，没有多少病例需要治疗。但是其最麻烦的特征是结石难以清除，而且疾病容易复发，这很容易引起并发症。
