肝结石症发生在肝内胆管中。肝脏分为许多裂片和许多肝段。如果结石阻塞肝叶或胆管，则相应部位的肝组织会发炎，或者会发生纤维化或萎缩。它甚至可能导致肝硬化。因此，此时无法从病变处清除结石并恢复正常的肝功能，因此必须切除肝脏的这一部分。它通常指的是更局限的病变，仅限于肝段或肝叶。如果所有肝内胆管都结石，将最终造成严重后果。严重的后果是整个肝脏的纤维化，导致肝硬化和门脉高压。这时，最好的治疗方法可能是肝移植。
