目前小儿先天性巨结肠如果能得到及时诊断、治疗，预后是比较好的。小儿先天性巨结肠主要治疗以手术为主，需根据巨结肠的病变严重程度，来选择合适的手术方式。
小儿先天性巨结肠的预后和手术后的护理也有很大关系，所以术后护理非常重要。
小儿先天性巨结肠手术后，需要根据医生的建议进行定期的扩肛，必要时需进行清洁灌肠，还应培养患儿逐步正常的排便习惯。伤口护理需注意局部卫生，防止发生感染，注意合理安排饮食，加强全身营养。
