因为宫颈疫苗的二价、四价、九价是相对于疫苗可以预防的HPV病毒分型来说的，所以，二价宫颈疫苗和四价宫颈疫苗的主要区别就是二者针对的HPV病毒分型不同。二价疫苗主要预防的是HPV16和HPV18，这两种人乳头瘤病毒是最常见的可以引起宫颈癌的病毒。而四价疫苗则在HPV16和18的基础上又增加了HPV6、HPV11两种低危型病毒，这两种病毒感染是导致生殖器尖锐湿疣的主要原因。另外，二价疫苗和四价疫苗的接种年龄也不相同，前者是9到45岁，后者是20到45岁。
