脑磁共振检查可以检查出大多数的脑部疾病。通过脑磁共振检查，可以详细分析脑部各个组织是否出现病变，因此是非常重要的一个脑部疾病的检查方法。利用脑磁共振检查可以发现脑部先天性发育异常、脑肿瘤、脑囊肿、脑炎、脑出血、脑梗塞等。另外脑磁共振检查还可以发现脑白质病变，例如脑白质脱髓鞘、脑白质稀疏，还可以发现脑软化灶。因此，对于脑部疾病的发现以及治疗都有很关键的作用。脑磁共振检查会更详细和更准确，因此比较适合一些较为复杂的脑部疾病。
