新生儿自发性气胸的病因有以下几种：
第一、吸入性肺炎，是指新生儿在出生的过程中吸入胎粪，使气道受阻，肺内存在气体，引起肺泡破裂出现气胸。
第二、继发性肺部感染，比较常见的有金黄色葡萄球菌肺炎、革兰氏阴性菌肺炎等，感染炎症细胞后，会继发肺脓肿、肺坏疽等，如果感染比较严重，还会导致肺部坏死、肺部穿孔，诱发自发性气胸。
新生儿自发性气胸主要是由于外源性原因引起的肺泡破裂或者支气管胸膜瘘，当空气经过气道进入到胸腔内就会引起气胸。
