月经周期短主要考虑为妇科内分泌疾病引起，如卵巢黄体功能不足。引起黄体功能不足的因素是多种多样的，例如卵巢本身发育不良；神经内分泌调节功能紊乱，导致卵泡期FSH缺乏使卵泡发育缓慢，LH脉冲值不高；高泌乳素血症、代谢异常等。
黄体功能不足一般表现为月经周期缩短，有时有些女性月经周期虽正常，但卵泡期延长，黄体期缩短，会导致患者不易受孕，或在孕早期发生流产。这种情况可以在月经后半期行黄体功能补充疗法。
月经周期缩短，如小于21天为月经过频，这种情况是无排卵性功能失调性子宫出血的一种类型，根据情况必要时行诊断性刮宫术，并根据病理检查结果指导下一步用药。
