小便时小腹疼痛的原因有很多，具体如下：
1、可能是由于泌尿系感染而引起的，细菌从尿道口进入膀胱尿道之后，就会造成膀胱尿道黏膜出现刺激而损伤，从而引起小便时小腹疼痛、尿急、尿频等症状。
2、泌尿系结石，结石嵌顿在输尿管的下段而引起了肾脏积水，同时会引起腰部疼痛以及下腹部坠胀不适等症状。
3、前列腺炎以及尿道炎等疾病，也会造成小便时小腹疼痛的症状发生。
建议患者到正规的医院泌尿外科来就诊，需要完善体格检查、血常规、腹部彩超以及尿常规检查，明确具体原因之后，再对症治疗。
