小儿肠套叠主要是指肠管的其中部分套入远端或近端的肠腔内，发病原因主要有以下几种：
第一、有部分患儿肠套叠属于特发性，目前病因尚不明确，找不到诱发因素，可能和遗传免疫因素有关。
第二、肠道在受到腺病毒和轮状病毒感染后，会导致肠壁局限性增厚，引起肠腔狭窄，导致肠道功能紊乱，形成肠套叠。
第三、和患儿生理结构有关，患儿淋巴组织丰富，在受到炎症刺激时容易引起水肿或肥大。
第四、自主神经因素和内分泌因素，比如交感神经发育迟缓，自主神经功能紊乱，或者内分泌因素导致胃肠功能失调。
