黄体功能不良、卵泡发育不良、子宫内膜分泌反应不良、甲状腺功能减退、甲状腺功能亢进、泌乳素升高、前列腺素分泌异常、子宫内膜异位症、高雄激素血症、早产、先兆流产以及药物因素等均可引起孕酮低。怀孕初期孕酮低，会引起先兆流产甚至流产的发生，需要在医生的指导下使用激素类的药物进行保胎，同时需要注意休息，避免劳累，饮食加强营养；如果非孕期，孕酮低会引起月经不调的发生，需要查明引起孕酮低的原因，在医生的指导下选择药物治疗。
