孕酮低主要是由以下原因造成的：1.黄体功能不全，由于体内的卵巢黄体发育不全，从而就会导致孕酮的含量降低，出现孕酮低的现象；2.肾上腺、甲状腺功能失调，由于体内的肾上腺、甲状腺功能严重失调，这样的话就会影响到卵巢的正常功能，导致女性排卵障碍，从而就会造成孕酮低的现象；3.其他原因，比如患有多囊卵巢综合征、无排卵型功能失调子宫出血、妊娠性胎盘功能不良等，这些均会造成孕酮低。
