无痛人工流产手术和药物流产有各自不同的副作用，不能简单的比较哪一个好。首先，药物流产除了有恶心、呕吐、腹泻、腹痛等胃肠道的反应外，药流不全大出血，或阴道流血时间长，是主要的副作用。
无痛人流适用于妊娠10周内要求终止妊娠者，但对于患有生殖道炎症、处于各种疾病的急性期、全身情况不良，不能耐受者、术前两次体温高于37.5℃的孕妇应禁止行人流手术，以免增加流产手术的风险。
如果女性停经在49天以内，孕囊又小于两公分以下，而且是剖腹产手术后两年以内，这时一般做药流更好。但如果停经超过49天，孕囊又大于三公分以上，这时做无痛人流手术更好。
