月经长时间不干净的原因有很多,大致有以下几类原因:1、内分泌紊乱,比如功能失调性子宫出血;2、子宫内膜异常,比如子宫内膜增生、子宫内膜息肉等;3、凝血功能的异常;4、子宫肌瘤、子宫腺肌症等器质性病变;5、其他因素,比如剧烈运动、性生活、服用特殊药物等都可以引起。月经长时间不干净容易引起贫血、生殖道感染。建议到医院做详细检查,以确定病因,对症治疗。