一般体积较小的卵巢囊肿对正常的卵巢排卵影响较小，造成不孕的几率小一些。但是如果卵巢囊肿过大，甚至完全占据了正常的卵巢组织，将会影响到卵巢的正常排卵进而造成不孕。若发生子宫内膜异位症，异位的巧克力囊肿多方面影响到胚胎的输送、着床、发育则会造成不孕。但若囊肿生长在卵巢的一侧，仅影响到一侧的卵巢功能，另一侧的卵巢仍可以正常发挥功能则不会造成不孕。因此，卵巢囊肿的位置、大小对卵巢功能的发挥产生不同的影响。
