肾结石进行体外冲击波碎石，对肾脏具有轻微的损害。但是如果没有好好的把握指征，反复多次的频繁进行体外冲击波碎石，则可造成肾脏的损伤，造成肾单位的损失，甚至可以出现有肾脏的纤维化，严重时可以影响到患者的肾功能。
所以一般肾脏在进行体外冲击波碎石，至少要间隔7-10天以后才能进行第2期的碎石。如果频率过短或者时间过短，都可以影响到肾脏的功能。而且肾脏结石进行体外冲击波碎石的危害，要比输尿管结石体外冲击波碎石的危害要大。碎石过后患者都可能会出现不同程度的镜下血尿、或肉眼血尿，这时一般都发生了肾脏的微小损伤。
