卵巢囊肿有很多不同的发生原因，
首先分为生理性和病理性两大类。具有生育功能的健康生育期妇女，卵巢在排卵后会形成黄体囊肿，分泌孕激素，促进内膜转化或维持妊娠。这种正常会出现的囊肿，也就是生理性囊肿一般情况下不会长很大，也不需要特殊处理，绝大多数在月经后会自行消失。
病理性卵巢囊肿的原因有很多，如上皮性、炎性、生殖细胞来源、性索间质来源等，一经明确，建议手术治疗。
