二者针对的HPV型别有差异，四价包含了二价。二价HPV疫苗针对的是HPV16、18高危型HPV，可一定程度上预防HPV16、18相关的宫颈癌及癌前病变，其接种年龄是9-45岁，需接种3次，分别为0、1、6个月。四价HPV疫苗针对的是HPV6、11低危型HPV和16、18高危型HPV，还可一定程度上预防HPV6、11低危型HPV相关的尖锐湿疣和外阴癌，其接种年龄为20-45岁，接种时间为0、2、6个月
