衣原体感染与感染的部位有关，如果感染的是肺部，会出现的咽痛、声嘶、流涕等上呼吸道感染症状。如果感染眼部，会出现流泪、眼睑出现脓性分泌物、结膜充血等症状。最常见的就是感染泌尿生殖系统，男性的临床表现有尿道瘙痒、不适、有异物感，红肿、少量分泌物；若不及时治疗，可引起前列腺炎、附睾炎等。女性的临床表现是输卵管炎、宫颈炎、盆腔炎，若反复发作，会导致不孕或宫外孕。治疗药物有：四环素类药物、大环内酯类药物、喹诺酮类药物等。
