斑秃的病因尚不完全清楚。是一种多基因病，普遍认为斑秃是遗传素质、环境激发、易感性等多种因素共同作用下的自身免疫性疾病。遗传，许多研究提示斑秃的发生具有一定的遗传基础。已有报道单卵双生的双胞胎同时发生相同形式的斑秃。10%-20%曾经发生斑秃的父母，其子女中至少有一个会发生斑秃。环境因素可能与斑秃的易感性、严重程度、病程、对治疗的反应和预后等有一定关系。
