不同类型的卵巢囊肿治疗原则不同。功能性囊肿一般不需要治疗，不管用药与否，通常会在三个月内自行消失；出血性囊肿一般不需要治疗，也会自行消失，但是时间较长，少数囊肿较大有压迫症状或存在囊肿扭转时考虑手术治疗；浆液性上皮囊肿及黏液性上皮囊肿一般不会自行消失，需要手术切除；巧克力囊肿会侵蚀卵巢组织，一般建议手术治疗；畸胎瘤不会自行消失，建议及早手术切除。
