灰指甲在医学上称之为甲真菌病或甲癣，是真菌感染所致的甲部疾病。由于甲部结构特殊，外用药物难以渗透，所以治疗灰指甲，要首选口服抗真菌药，并联合局部外用疗法。
临床首选的的口服抗真菌药有伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片。伊曲康唑是三唑类广谱抗真菌药，不良反应小，疗效确切，但它有抑制肝药酶的作用，所以用药前和用药中要监测肝功。局部外用药物可以选择伊曲康唑乳膏、特比萘分乳膏，还可以选择甲癣酊、环吡酮胺软膏等。
甲真菌病治疗疗程长，复发率高，尽可能在正规医院医师指导下用药。
