卵巢囊肿若无任何症状，可以先进行观察，临床上大部分的囊肿无须特殊处理都可以自行消失。若囊肿持续存在或增大、有恶变或发生破裂的风险、或发生扭转时，需手术治疗。
而对于无手术指征的内膜样囊肿如巧克力囊肿，可口服短效避孕药，对于炎性囊肿可予抗生素口服。
