在临床上，黄体酮软胶囊一般在服药后1-3小时左右，可能会出现嗜睡、头晕、目眩等副作用。也可能会出现过敏，比如起荨麻疹等，还有可能会影响到女性的乳房，发生乳房肿块等情况。通常都是一过性的，不需治疗可以自行的缓解。若长期、大剂量的使用黄体酮软胶囊时，可改变月经周期，使月经推迟或在月经中间出血等不良反应的出现。需在医生指导下，降低每次服药剂量及频率可以改善这些症状。少数女性会有腹痛、潮热、恶心、情绪抑郁等，一般在停药后都能自行缓解。
