吸入性肺脓肿最常见的感染菌是厌氧菌。
厌氧菌在吸入性肺脓肿的发病中扮演核心角色，尤其是口腔和上呼吸道定植的厌氧菌如脆弱类杆菌、产黑素普雷沃菌和消化链球菌等；肺炎链球菌虽然常见于社区获得性肺炎，但在单纯吸入性肺脓肿中相对少见；金黄色葡萄球菌多见于继发于血流感染的肺脓肿或医院获得性感染；革兰阴性杆菌如克雷伯菌、铜绿假单胞菌在酗酒、糖尿病或免疫功能低下患者中更为常见；吸入性肺脓肿多为混合感染，厌氧菌常与其他需氧菌或兼性厌氧菌共同存在，形成复杂的微生物群落，这可能与口腔微生态环境和吸入物的性质有关，临床治疗时需考虑覆盖这些可能的病原体。
日常应注意口腔卫生，定期刷牙和使用牙线，及时治疗口腔疾病如龋齿、牙周炎等，避免口腔细菌过度繁殖；对于有吞咽困难或意识障碍的患者，进食时应采取半卧位或侧卧位，防止误吸；戒烟限酒，控制基础疾病如糖尿病，增强免疫力，这些措施都能有效降低吸入性肺脓肿的风险。
