疱疹性咽峡炎通常发热持续3-5天，多数患者会在一周内体温恢复正常。
疱疹性咽峡炎的发热持续时间受多种因素影响，病情较轻者可能2-3天退烧，而严重病例或未及时治疗者可能延长至5-7天；个体差异方面，儿童特别是婴幼儿发热持续时间往往长于成人，且免疫状态低下者恢复较慢；不同病毒类型（如柯萨奇病毒A型与其他肠道病毒）导致的病程长短也有所不同；治疗及时性是关键因素，早期抗病毒治疗和对症支持可显著缩短发热时间；并发症如脑膜炎、心肌炎等会延长病程；良好的护理措施如充分休息、补充水分和营养、维持口腔卫生等有助于加速康复。
日常注意事项包括保持充分休息，避免剧烈活动；多饮水，特别是温凉流质食物，避免刺激性食物；注意口腔卫生，可用淡盐水漱口；密切观察病情变化，如高热不退、精神萎靡、呼吸困难等症状应及时就医；注意个人卫生，勤洗手，避免交叉感染，尤其是在疾病高发季节。
