菌群失调有可能自行恢复，但并非所有情况都能自行好转。
轻度菌群失调在去除诱因后可能通过身体自身的调节能力逐渐恢复，恢复能力取决于失调的严重程度、持续时间以及个体差异等因素，饮食调整如增加膳食纤维摄入可辅助肠道菌群平衡，益生菌补充可能有助于恢复过程，但严重菌群失调如由抗生素使用或疾病引起时通常需要医疗干预，恢复时间因人而异，从几天到数周不等，维持健康生活方式包括均衡饮食、规律作息和适度运动有助于菌群恢复。
日常应注意避免滥用抗生素，保持饮食多样化，多摄入富含益生元的食物如蔬菜、水果和全谷物，适量摄入发酵食品如酸奶、泡菜等益生菌来源，保持充足水分摄入，规律作息，适度运动，避免过度压力，并注意个人卫生，以维持肠道菌群平衡。
