调节肠道菌群的药物主要包括益生菌制剂、益生元、合生元、针对性抗生素、粪便微生物移植、特定肠道菌群调节剂、膳食纤维补充剂以及具有调节菌群作用的中药制剂。
益生菌制剂如乳酸菌、双歧杆菌可直接补充有益菌；益生元如低聚果糖、低聚木糖促进有益菌生长；合生元结合益生菌与益生元双重作用；针对性抗生素如甲硝唑、万古霉素可抑制有害菌；粪便微生物移植（FMT）通过移植健康人粪便重建菌群平衡；利福昔明等肠道菌群调节剂可选择性调节肠道环境；膳食纤维补充剂如菊粉、抗性淀粉作为有益菌的养分；中药制剂如黄连、黄芩中的活性成分可调节肠道菌群结构与功能。
在日常生活中，应保持均衡饮食，多摄入富含膳食纤维的食物如全谷物、蔬菜水果，减少高糖高脂饮食，适当运动，规律作息，避免滥用抗生素，必要时在医生指导下合理使用肠道菌群调节药物，并注意药物的使用周期与剂量，以维持肠道菌群的平衡与健康。
