肛肠镜检查可能会有一定的不适感，但现代医学技术已大大减轻了这种痛苦。
肛肠镜检查过程中，患者可能会感到轻微的腹胀、肛门部位的牵拉感或不适，这种感觉主要来源于肠道充气以及内镜通过肠道的生理性刺激。麻醉方式的选择对疼痛体验有直接影响，局部麻醉仅减轻肛门区域不适，而镇静麻醉或全身麻醉则可消除大部分不适感；个体疼痛耐受差异较大，有些人对轻微刺激就很敏感，而另一些人则能较好地耐受；检查时间通常在10-30分钟之间，时间越长可能带来的不适感越明显；医生操作技术的熟练程度直接影响患者体验，经验丰富的医生能更快完成检查并减少不适；检查后可能会有轻微的肛门胀痛或少量出血，通常在24小时内缓解；充分的心理准备和放松技巧有助于减轻检查过程中的不适感；现在大多数医院提供无痛检查选项，通过使用镇静药物让患者在睡眠中完成检查，几乎没有任何痛苦。
进行肛肠镜检查前，建议保持肠道清洁，按照医生指导进行肠道准备，检查前24小时饮食宜清淡易消化，避免食用粗纤维食物和高色素食物，检查当天穿着宽松舒适的衣物，并安排好家人陪同和检查后的交通，特别是选择无痛检查的患者，检查后24小时内不宜驾驶或进行重要决策。
