枯草杆菌的副作用包括胃肠道不适、过敏反应、免疫系统影响、可能产生耐药性，以及对特殊人群如孕妇、儿童和肝肾功能不全者需谨慎使用。
枯草杆菌作为益生菌制剂，最常见的不良反应是胃肠道症状，如腹胀、腹泻、便秘和腹痛，这些症状通常较轻微且短暂。过敏反应虽然罕见但可能发生，表现为皮疹、瘙痒、荨麻疹，严重者可能出现呼吸困难等过敏性休克症状。长期或大剂量使用枯草杆菌可能影响人体免疫系统平衡，特别是对免疫功能低下者，可能导致过度免疫反应或免疫耐受失调。长期使用枯草杆菌可能诱导肠道菌群产生耐药性，减少其治疗效果，并可能将耐药基因传递给其他细菌。对于特殊人群，孕妇应在医生指导下使用，目前尚无足够研究证实其对胎儿的安全性。儿童使用需根据年龄和体重调整剂量。肝肾功能不全者因药物代谢和排泄能力下降，需谨慎使用并监测相关指标。
使用枯草杆菌期间，应避免与抗生素同时服用，如需合用应间隔至少2小时。注意观察身体反应，出现异常症状应及时就医。应按照医嘱剂量使用，不可自行增减剂量。储存时需按照产品说明保存，通常需避光、防潮、冷藏。长期使用后如需停药，应在医生指导下逐渐减量而非突然停用。
