肛门内部疼痛可能由多种原因引起，包括痔疮、肛裂、感染、炎症或肿瘤等疾病。
肛门内部疼痛的常见原因包括痔疮（内痔脱垂或血栓形成）、肛裂（肛管皮肤撕裂）、肛瘘（异常通道形成）、感染性疾病（如肛周脓肿、直肠炎）、炎症性肠病（克罗恩病或溃疡性结肠炎）、肿瘤性病变（良性或恶性肿瘤）、功能性肛门直肠疾病（如肛门直肠痛）、性传播感染（如疱疹、尖锐湿疣）、神经性疼痛（如神经病变）、肌肉痉挛（盆底肌功能障碍）、外伤（如检查或手术后的损伤）、异物（误入肛门内）、便秘或腹泻等排便习惯改变导致的压力增加，以及心理因素（如焦虑、抑郁）。
日常生活中应注意保持良好的排便习惯，避免用力排便，保持肛门区域清洁干燥，饮食均衡多摄入膳食纤维，充足饮水，避免久坐，适当运动，出现疼痛持续不缓解或加重时应及时就医检查，避免自行用药延误病情。
